Juana creció en un hogar musical. Su padre, Horacio Molina, es un exitoso cantante y compositor de tango quien dio a Juana sus primeras lecciones de guitarra. Su madre, muy conocida por su apodo "Chunchuna", procedente de la clase alta porteña, fue una célebre modelo y actriz. La carrera musical de Juana Molina se remonta a sus primeros años con la guitarra. Juana se ha sentido intrigada siempre por las melodías simples y repetitivas. Explicaba ... Ver más [+] que "Las primeras canciones que escribí eran como bucles. Me pasaba semanas jugando las mismas notas o pocos acordes, entraba en un trance. Pero no tenía la confianza necesaria para dejarlos que se expresaran por ellos mismos. Así que insertaba un coro, verso y el puente para que se asemejaran a las estructuras tradicionales de la canción." Tras el golpe militar de 1976, la familia Molina se trasladó primero a Madrid y luego a París para huir de la dictadura cívico-militar argentina. Durante esos años de formación adolescente en París, la paleta musical de Juana se amplió enormemente. Mucho antes de que la "música del mundo" se convirtiera en un género en sí mismo (vagamente definido como es), un par de estaciones de radio francesas que Juana escuchaba regularmente ofrecían programas con música de todo el mundo. A Juana le encantaron los sonidos curiosos, exóticos: "Todo eso realmente me fascinó, me pareció que era de otro mundo." Grababa esos programas siempre que podía, y construyó así una biblioteca de varios cientos de casetes. Escuchaaba las cintas constantemente. Sin embargo, pocas semanas después de su regreso a Buenos Aires, las cintas fueron robadas de la casa de un amigo. Juana sigue describiendo esa pérdida como un "dolor terrible". La pérdida dolorosa, sin embargo, también puede entenderse como una contribución a la naturaleza artística atrevida de Juana. Como no podía volver y estudiar esos extraños sonidos y estilos en los que se había interesado tanto, desarrolló su propia forma de expresión. Tuvo que aventurarse hacia el interior para encontrar lo que había dentro de ella que había resonado con los sonidos extraños que había escuchado. Se había plantado una semilla, pero ella misma tendría que perseguirlos por el agujero del conejo. En 1993 se casó con el artista visual, cineasta y escritor Federico Mayol, tienen una hija nacida en 1994.
